1. Pham Dinh Trong, Le Quang Dung, Tran Manh Ha, Dao Tan Hoc, Nguyen Quang Nghi, Phan Thi Kim Hong, 2007. Some monitoring results on Benthic invertebrate’s biodiversity at chosen sites: Dau Moi (Ha Long Bay) and Song Lo (Nha Trang), Viet Nam. In the proceeding of NaGISA World Conference. Kobe city, Japan
2. Nguyễn Thị Thu, Trần Mạnh Hà, 2007. Nguồn giống tôm cua cá trong thảm cỏ biển Phú Quốc. Kỷ yếu hội thảo quốc gia về sinh thái và tài nguyên sinh vật. trang 119 – 125
3. Jun Nishikawa, Nguyen Thi Thu , Tran Manh Ha , Pham The Thu, 2008. Jellyfish fisheries in northern Vietnam, Plankton and Benthos Research. volume 3, 4th issue. Pp 227-234
4. Trần Mạnh Hà, 2008. Kết quả nghiên cứu nguồn giống đáy tôm cua vùng cửa Lạch Huyện, Hải Phòng. Tuyển tập tài nguyên và môi trường Biển tập 13, trang 204-213.
5. Lăng Văn Kẻn, Nguyễn Đăng Ngải, Chu Thế Cường, Lê Quang Dũng, Trần Mạnh Hà và Nguyễn Thị Mai Lựu, 2008. Dẫn liệu bước đầu về khu hệ động vật đáy ven bờ thành phố Vũng Tàu. Tuyển tập tài nguyên và môi trường Biển tập 13, trang 180-193.
6. Trần Mạnh Hà, Nguyễn Thị Thu, 2009. Một số yếu tố ảnh hưởng đến khả năng bảo tồn nguồn giống tự nhiên vùng triều cửa sông Bạch Đằng. Kỷ yếu Hội nghị quốc gia về Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật lần thứ 3. trang 1304-1312.
7. Nguyễn Thị Thu, Trần Mạnh Hà, Phạm Thế Thư, Jun Nishikawa, 2009. Thành phần và phân bố động vật xoang tràng ven biển Việt Nam. Tạp chí Khoa học và công nghệ Biển. tập 1 (T9). trang 238-250.
8. Phạm Thế Thư, Nguyễn Thị Thu, Trần Mạnh Hà, 2009. Hiện trạng khai thác và sử dụng nguồn lợi Sứa ven biển phía Bắc Việt Nam. Tuyển tập tài nguyên và Môi trường Biển số 14. trang 243-255.
9. Trần Mạnh Hà, 2009. Biến động nguồn giống tôm trong thảm cỏ biển Quảng Nam sau sự cố tràn dầu năm 2007. Kỷ yếu Hội Nghị quốc gia về Sinh học biển và Phát triển bền vững. Trang 236-246.
10. Trần Mạnh Hà, 2009. Kết quả nghiên cứu về Giun nhiều tơ trong rạn san hô quần đảo Trường Sa, Việt Nam. Kỷ yếu Hội Nghị quốc gia về Sinh học biển và Phát triển bền vững. Pp 66-73.
11. Nguyễn Thị Thu Trần Mạnh Hà, 2009. Nguồn giống tôm cua cá vùng cửa sông Bạch Đằng, Hải Phòng. Kỷ yếu Hội Nghị quốc gia về Sinh học biển và Phát triển bền vững. trang 311-322
12. Nguyễn Thị Minh Huyền, Đỗ Công Thung, Hoàng Thị Chiến, Phạm Hải An, Trần Mạnh Hà, 2009. Lượng giá kinh tế các giá trị chưa sử dụng của hệ sinh thái cỏ biển Tam Giang-Cầu Hai (Thừa Thiên-Huế). Kỷ yếu Hội Nghị quốc gia về Sinh học biển và Phát triển bền vững. trang 192-202
13. Nguyễn Thị Minh Huyền, Hoàng Thị Chiến, Phạm Hải An, Trần Mạnh Hà, 2010. Lượng giá kinh tế rạn san hô Cù Lao Chàm-Quảng Nam. Kỷ yếu hội nghị kỷ niệm 35 năm thành lập Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam. trang 29-304.
14. Tran Manh Ha, 2010. Shrimp and crab post larvae in the Xuan Thuy mangrove forest (Vietnam). Proceeding of international conference "Marine biodiversity of East asia: Status, Regional challenges and Sustainable development”. pp 459-468.
15. Nguyễn Thị Minh Huyền, Trần Mạnh Hà, Cao Thu Trang, Đặng Hoài Nhơn, Phạm Thế Thư, 2011. Các giá trị sử dụng mạng lại từ hệ sinh thái rừng ngập mặn Tiên Lãng-Hải Phòng, Tạp chí Khoa học và Công nghệ Biển, tập 11 số 2, trang 57-73.
16. Nguyễn Thị Thu, Cao Văn Lương, Trần Mạnh Hà, Định Văn Nhân, 2011. Đánh giá mức độ suy thoái các thảm cỏ biển ven bờ Việt Nam. Kỷ yếu hội nghị Khoa học và Công nghệ Biển toàn quốc lần thứ 5 (Quyển 4: Sinh học và Nguồn lợi sinh vật Biển), trang 295-302
17. Trần Mạnh Hà, 2011. Một số yếu tố ảnh hưởng tới sự suy giảm nguồn giống tôm, cua trong thảm cỏ biển cửa đại (Quảng Nam). Kỷ yếu hội nghị Khoa học và Công nghệ Biển toàn quốc lần thứ 5 (Quyển 4: Sinh học và Nguồn lợi sinh vật Biển), trang 568-576.
18. Trần Mạnh Hà, Đinh Văn Nhân, 2012. Hiện trạng nguồn giống tôm, cua trong thảm cỏ biển cửa đại - quảng nam năm 2009. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Biển (đã chấp nhận và chờ xuất bản)