1.      Phạm Thế Thư, Chu Văn Thuộc và Nguyễn Thị Minh Huyền, 2007. Một số kết quả nghiên cứu về ảnh hưởng của cường độ ánh sáng và độ mặn tới sự phát triển của tảo độc hại Pseudonitzschia pungens trong điều kiện phòng thí nghiệm. Tài nguyên và Môi trường Biển. Tập XII, Nxb KH&KT Hà Nội, Tr. 265 - 276.

2.      Phạm Thế Thư, Chu Văn Thuộc và Nguyễn Thị Minh Huyền, 2008. Nghiên cứu ảnh hưởng của một số muối dinh dưỡng tới sự phát triển của tảo độc hại Pseudo-nitzchia pungens trong điều kiện phòng thí nghiệm. Tài nguyên và Môi trường Biển. Tập XIII, Nxb KH&KT Hà Nội, tr. 228 - 243.

3.      Nguyễn Thị Minh Huyền, Chu Văn Thuộc, Phạm Thế Thư, 2008. Dẫn liệu về mối quan hệ của muối dinh dưỡng với sự phát triển mật độ thực vật phù du ở vùng ven biển Đồ Sơn – Cát Bà (Hải Phòng). Tài nguyên và Môi trường biển, tập X, Nxb KH&KT Hà Nội, tr. 273-283.

4.      Phạm Thế Thư, Đỗ Mạnh Hào, 2008. Bước đầu nghiên cứu sự phân bố một số nhóm vi sinh vật đất dị dưỡng trong vùng ngập triều Bàng La, Hải Phòng. Tuyển tập Tài nguyên và Môi trường biển, tập 13, NXB Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội: tr. 258-272.

5.      Phạm Thế Thư, Nguyễn Thị Thu và Trần Mạnh Hà, 2009. Tình hình khai thác và sử dụng nguồn lợi Sứa ở một số tỉnh phía Bắc Việt Nam. Tuyển tập Tài nguyên và Môi trường biển, tập 14, NXB Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội: tr. 243-254.

6.      Phạm Thế Thư, Lee Jin Wook, 2010. Thành phần và số lượng vi khuẩn trong nước biển Pusan, Hàn Quốc sử dụng trong công nghệ lọc nước biển. Tuyển tập Tài nguyên và Môi trường biển, tập 15: tr. 108-119. NXB Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội.

7.      Nguyễn Thị Thu, Trần Mạnh Hà, Phạm Thế Thư, 2009. Thành phần loài và đặc điểm phân bố một số loài trong lớp sứa dù (Scyphozoa) trong vùng biển ven bờ Việt nam. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển. Phụ trương 1 (T9). NXB KH và CN. Trang 238-249.

8.      Phạm Thế Thư, Đỗ Mạnh Hào, Đỗ Thị Loan, 2009. Ứng dụng kỹ thuật đọc trình tự nucleotide gen 16S rARN trong nghiên cứu phân loại hai chủng vi khuẩn phân lập từ rừng ngập mặn Bàng La, Hải Phòng. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển. Phụ trương 1 (T9). NXB KH và CN. Trang. 306-319.

9.      Nguyễn Thị Thu, Trần Mạnh Hà, Phạm Thế Thư, Jun Nishikawa, 2009. Thành phần và phân bố động vật xoang tràng ven biển Việt Nam. Tạp chí Khoa học và công nghệ Biển. tập 1 (T9). trang 238-250.

10.  Nguyễn Thị Minh Huyền, Chu Văn Thuộc, Phạm Thế Thư, 2009. Ảnh hưởng của các yếu tố môi trường tới sự phát triển của chi tảo độc hại Pseudo -nitzschia trong một số vùng biển ven bờ việt nam (Phụ trương Khoa học và Công nghệ biển, số 1- 2009).

11.  Đỗ Mạnh Hào, Phạm Thế Thư, 2010. Một số kết quả nghiên cứu về vi sinh vật vùng ven biển Hải Phòng. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển. NXB KH và CN. 10:

12.  Nguyễn Thị Minh Huyền, Trần Mạnh Hà, Cao Thu Trang, Đặng Hoài Nhơn, Phạm Thế Thư, 2011. Các giá trị sử dụng mạng lại từ hệ sinh thái rừng ngập mặn Tiên Lãng-Hải Phòng, Tạp chí Khoa học và Công nghệ Biển, tập 11 số 2, trang 57-73.